کاندوم، چه مردانه و چه زنانه، نقش مهمی در کاهش خطر انتقال HPV دارد، اما توانایی آن محدود است. دلایل این محدودیت عبارتند از:

• پوشش ناقص: کاندوم تنها بخشی از ناحیه تناسلی را می‌پوشاند. ویروس HPV می‌تواند از نواحی غیرپوشش‌داده‌شده نیز منتقل شود.
• انتقال غیرجنسی: برخی از انواع HPV از طریق تماس غیرجنسی پوست به پوست منتقل می‌شوند.
• تماس قبل و بعد از رابطه جنسی: اگر قبل یا بعد از استفاده از کاندوم، تماس پوست به پوست وجود داشته باشد، خطر انتقال همچنان باقی است.
• پارگی کاندوم: احتمال پارگی یا استفاده نادرست از کاندوم می‌تواند کارایی آن را کاهش دهد.