زگیل تناسلی زنان  در اطراف واژن و مقعد یا دهانه رحم ظاهر می‌شوند. این زگیل‌ها ممکن است بسیار کوچک باشند و یا در خوشه‌هایی بزرگ ظاهر شوند. رنگ این زگیل‌ها نیز ممکن است سفید یا قرمز باشد. در بعضی موارد ممکن است فرد به زگیل تناسلی مبتلا شده باشد، با این وجود هیچ علائمی در بدن وی ظاهر نشوند.

متاسفانه در اکثر مواقع زگیل تناسلی در زنان بدون علامت است و تشخیص آن توسط فرد یا شریک جنسی او تقریبا غیر ممکن است ولی چنانچه هر گونه علائمی ظاهری مشاهده شود باید برای ارزیابی دقیقتر به پزشک مراجعه شود

زنانی که روابط جنسی محافظت نشده دارند، بهتر است در معاینات دوره ای خود از پزشک بخواهند به بررسی وجود زگیل‌های تناسلی بپردازند. آزمایش زگیل تناسلی برای این کار کافی نیست. متخصص زگیل تناسلی باید به معاینه فرد بپردازد تا از ابتلای فرد به ویروس مطمئن شود. زگیل‌های تناسلی ممکن است ماه‌ها و یا سال‌ها بعد از ارتباط جنسی ظاهر شوند.

در بعضی موارد، زگیل‌های تناسلی در درون واژن ایجاد می‌شوند و تشخیص آنها به موضوع دشواری تبدیل می‌شود. همچنین افراد ممکن است علائمی داشته باشند که با بروز زگیل‌های تناسلی شباهت دارند.